上海交通大学医学院前身是由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成的上海第二医学院，1985年更名为上海第二医科大学。1997年，学校通过了“211工程”立项。2005年7月18日，上海交通大学与上海第二医科大学合并，成立了由教育部、上海市政府重点共建的上海交通大学医学院，进入“985”高校行列。2010年11月，学院成为卫生部与教育部合作共建的第一批十个重点高校中的一员。

复旦大学上海医学院(原上海医科大学)创建于1927年，创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国人创办的第一所国立大学医学院，颜福庆出任首任院长。1932年，独立为国立上海医学院(简称上医)。院训是“正谊明道”，出自《汉书·董仲舒传》：正其谊不谋其利，明其道不计其功。1939年，因抗战爆发内迁至云南昆明。1940年，辗转迁至四川重庆。1946年，抗战胜利，迁回上海。1952年，更名为“上海第一医学院”。1959年，被定为全国16所重点高等学府之一。1985年，更名为“上海医科大学”。2000年，上海医科大学